Автоматизация системы управления вузом и функционирование единой интегрированной базы данных университета осуществялется с помощью интегрированной автоматизированной информационной системы (ИАИС) управления университетом. Сопровождение и развитие ИАИС управления СГАУ, созданной в 2003 г., осуществляется лабораторией АСУ-ВУЗ, входящей в состав управления информатизации и телекоммуникаций.

Целями создания ИАИС являются:
- повышение эффективности работы структурных подразделений университета и системы управления вузом в целом;
- обеспечение возможности работы с корпоративными административными данными;
- создание единого информационного пространства вуза;
- упорядочение информационных потоков;
- автоматизированное формирование интегрированной информации;
- обеспечение информационного взаимодействия с региональными и федеральными органами управления образованием, а также другими организациями;
- информационная поддержка системы управления качеством подготовки специалистов.

На сегодняшний день система включает в себя более 75 клиентских рабочих мест в административных и учебных подразделениях университета. В промышленную эксплуатацию запущены модули «Кадры и штатное расписание», «Расчет заработной платы», «Бухгалтерия», «Контингент студентов». Информационный взаимообмен между базами данных административного и учебного сегмента осуществляется с помощью разработанных приложений синхронизации данных. Также решены вопросы интеграции ИАИС с Интернет-порталом СГАУ, системами электронного документооборота, библиотечным комплексом университета и другими информационными системами.

Основными направлениями дальнейшего развития ИАИС управления СГАУ являются:
- расширение числа пользователей за счет подключения к административной сети факультетов, кафедр и служб университета;
- развитие функциональных возможностей учебного сегмента системы;
- расширение спектра задач, решаемых ИАИС во взаимодействии с информационно-аналитической системой мониторинга деятельности подразделений и количественной оценки качества результатов работы университета;
- развитие аналитических приложений ИАИС.

Внедрение ИАИС управления СГАУ позволило существенно улучшить управленческий учет в университете, ввести ряд бизнес-процессов в правовое поле, более акцентированно сформировать точки ответственности исполнителей, упорядочить внутреннюю структуру и минимизировать количество выходных документов, существенно сократить сроки по структурному анализу показателей деятельности вуза и работе с внешними организациями. Совершенствование системы включено в программу развития СГАУ как национального исследовательского университета на 2009-2018 годы.